源泉所得税（納期特例）と特別徴収（住民税）の違いと6月・7月の対応

2026年6月19日2026年6月23日

荒川区の税理士、岡崎友彦です。

毎年6月から7月にかけて、事業主は従業員の給与から控除する「源泉所得税」と「住民税」に関する手続きを行います。

本記事では、法人および個人事業主を対象に、

を解説します。

源泉所得税（納期特例）と特別徴収（住民税）の制度の違い

両者は給与から税金を天引きして納付する制度です。

しかし、管轄する機関、税額の計算機関、納付時期が異なります。

源泉所得税は国税です。事業主が給与計算を行う際、国税庁の税額表に基づき税額を計算し、給与から天引きします。

原則として、天引きした源泉所得税は翌月10日までに税務署へ納付する義務があります。

ただし、給与の支給人員が常時9人以下の事業所は、事前に税務署へ「源泉所得税の納期の特例の承認に関する申請書」を提出し承認を受けることで、納付を年2回にまとめることが可能です。

特例の対象となるのは、給与や退職金から徴収した所得税、および税理士や弁護士等の専門家報酬から徴収した所得税です。

住民税は地方税（都道府県民税および市区町村民税）です。

前年の所得を基に各市区町村が税額を計算します。

事業主（特別徴収義務者）は、市区町村から通知された決定税額を従業員の給与から天引きし、各自治体へ納付します。

住民税の年度は6月に切り替わります。毎年5月に各市区町村から「特別徴収税額決定通知書」が送付され、6月支給分の給与から新しい税額での天引きを開始します。

納付期限は、天引きした月の翌月10日です。

住民税にも納期の特例（年2回納付）の制度が存在します。

従業員が常時11人未満の事業所が対象となり、所得税の特例とは別に、対象となる各市区町村へ個別に承認申請書を提出する必要があります。

事業主は以下のスケジュールで作業を完了させる義務があります。

納付期限を超過した場合、附帯税が課されます。

源泉所得税では不納付加算税（原則として納付すべき税額の10％）や延滞税が発生します。住民税においても各市区町村の条例に基づき延滞金が加算されます。

これらの附帯税は法人の損金（経費）および個人事業主の必要経費には算入できません。

従業員数が増加するにつれて、紙の納付書を用いた手作業は工数が増大し、計算ミスや納付漏れのリスクが高まります。

以下の方法による業務フローのデジタル化が有効です。

クラウド型の給与計算ソフト（TKCシステムやマネーフォワード等）を導入します。

所得税については、社会保険料控除後の金額や扶養親族情報に基づき、システムが自動で源泉徴収税額を計算します。住民税については、市区町村から通知された年間の税額データをシステムに入力または取り込むことで、毎月の給与から該当月の税額が自動控除されます。

これらの給与システムを会計ソフトと連携させることで、給与支払時の仕訳や、7月・1月の納期特例に伴う半期分の源泉所得税の集計作業が自動化されます。

市区町村からの住民税決定通知書を、書面ではなく電子データ（eLTAX経由）で受け取る設定に変更します。

自治体の税務窓口からの書面郵送を待つ必要がなくなり、取得したデータを給与計算システムへ直接取り込むことが可能となります。手入力による転記ミスを防止できます。

金融機関の窓口での納付手続きを廃止し、電子システムを利用します。

源泉所得税（国税）e-Tax（国税電子申告・納税システム）を利用して「所得税徴収高計算書」のデータを送信します。ダイレクト納付（事前に登録した口座からの引き落とし）やインターネットバンキングを利用して納税を完結させます。
住民税（地方税）eLTAX（地方税ポータルシステム）を利用します。以前は各市区町村の指定する納付書を金融機関へ持ち込む必要がありましたが、eLTAXの「地方税共通納税システム」を利用することで、複数の市区町村に対する特別徴収住民税を一括して電子納付することが可能です。